Yaşadığınız sorunun SambaPOS ile hele de SambaPOS 2 veya SambaPOS V3 ile hiç bir ilgisi yok.
SambaPOS V3 de de aynı şekilde SQL Server'ı kurmanız gerekecek, Siz bilgisayarınızla ilgili problemi çözün, bilgisayarınıza SQL Server yüklenemiyor olmasının sebebini araştırın, Arızalı bir Ram modülünüz mü var? Diskin içinde karışmış dosya yapınız mı var? yada karışık bir Registry kaydı mı var bilemiyorum ama bunu çözmelisiniz.
İçinde başka başka dataların olduğu bir bilgisayar değilse benim tavsiyem bilgisayarınızı formatlayın driver'ları yükledikten sonra drek tertemiz bilgisayarınıza SQL Server yükleyin ve üstüne de SambaPOS yükleyerek deneyin.